In de toren werd in 1304 een luidklok gehangen, met de tekst ‘de levenden roep ik, de doden beween ik. In 1891 is deze klok verkocht. Hij was gescheurd door het vele luiden bij begrafenissen tijdens besmettelijke ziekten. De grotere klok stamt uit 1481 en is gegoten door Steven Butendiic, een klokkengieter in Utrecht. In deze klok staat de tekst ‘O God, wilt U Spijkenisse beschermen, alle rijke en alle arme mensen, ieder die nog bij onze kerk hoort, alle mensen die nog worden geboren, alle doden in de hemel, en ook mij Steven Buitendijk, 1841’.  

Zelfstandige parochie
Het bovendeel van de toren stamt uit de tweede helft van de 15e eeuw. In die tijd wordt Spijkenisse een zelfstandige parochie en wordt ze niet meer bestuurd door het kapittel uit Geervliet. Door dijkverbetering en betere afwatering zijn de gronden beter te bebouwen en groeit het inwonertal. Het heeft dus zin om als een zelfstandige kerk verder te gaan. Zonder slag of stoot verliep dat niet, want de moederkerk in Geervliet liep wel inkomsten mis.  De rooms-katholieke kruiskerk werd in 1521 voltooid. Ruim 50 jaar later werd de kerk gebruikt door de hervormde gemeente. 

Restauraties
In de loop der eeuwen heeft de kerk vele verbouwingen en restauraties ondergaan.

De restauratie in 1933-34 was een grondige. De toren werd gerestaureerd en onderheid. De kerkmuren kregen een fundament en het dak werd vernieuwd. Ook werd er centrale verwarming aangelegd. Bij de restauratie werd in het noorderdwarsschip een nis zichtbaar met een oud fundament dat leek op een altaarvoet. In deze nis vond men een muurschildering die verborgen was onder diverse kalklagen. De nis was een aan Maria gewijd altaar. In de grond onder het koor werden een altaarschaal en kan gevonden. Deze waren begraven in 1572 om te voorkomen dat ze gestolen werden door de plunderende watergeuzen. Het kerkhof dat niet meer gebruikt werd, werd kerkplein met een muurtje aan de zuidkant.

Terug naar de oorsprong
In 1969 is de dorpskerk opnieuw gerestaureerd en is er ruimte gekomen voor een vast doopvont. Hierin past de doopschaal uit de 19e eeuw. Het interieur van de kerk is zoveel mogelijk teruggebracht naar de oorspronkelijke vorm. De preekstoel, de kerkeraadsbanken en het doophek stammen uit 1618. In het noordschip staat de in 1933 verlaagde Heerenbank. Deze bank was vroeger gereserveerd door de ambachtsheer. Het wapen van de familie Repelaer-Backus hangt boven de bank. Bij deze restauratie is aan de buitenkant van de kerk een aanbouw gemaakt, die er waarschijnlijk ook was in de tijd dat de kerk door de rooms-katholieke gemeente gebruikt werd. In deze aanbouw is de consistoriekamer ondergebracht.  In 1971 kreeg de toren weer een opknapbeurt. Er werd een zware betonconstructie onder de westkant van de toren aangebracht. Door deze constructie kan de toren niet verder scheef zakken.  

Klokken
In juni 1943 werden de luidklokken op last van de Duitsers uit de toren gehaald. Ze moesten versmolten worden tot munitie. Schipper Van Dijk was niet van plan om aan dit plan mee te werken en liet zijn schip bij Urk zinken. Begin 1946 kwamen haar klokken weer terug. In 1988 kregen de twee luidklokken versterking van een carillon, bestaande uit 47 klokken. De laatste restauratie dateert van 2007-2008. Tijdens deze opknapbeurt zijn de haan en de wijzers van de klok opnieuw verguld. De computer zorgt ervoor dat de klok netjes op tijd loopt. Gevelstenen zijn aangeheeld en muren opnieuw gevoegd. Er is ook een coating tegen graffiti aangebracht. Daarnaast is onder ander het hout van het dak vervangen en aan de buitenkant bekleed met koper. Na deze opknapbeurt moet de scheve toren (van Spijkenisse) er weer 70 jaar tegen kunnen.